Sí, es así. De hecho, MCEBuddy ahora admite varias pistas de subtítulos y las extrae/incrusta todas incluso si estás usando un modo de conversión normal (es decir, no el modo solo renombrar).
Sin embargo, en tu caso, tu perfil no es válido, por lo que MCEBuddy no puede continuar:
ERROR> 2019-08-23T20:07:09 MCEBuddy.Engine.ConversionJob → Error no controlado durante la conversión, conversión cancelada
System.Exception: Perfil inválido, el orden está vacío
at MCEBuddy.Transcode.Convert.GetConversionExtension(ConversionJobOptions conversionOptions)
at MCEBuddy.Engine.ConversionJob.GetDestinationFilename(ConversionJobOptions conversionOptions, VideoMetaData metaData, String originalFileName, Log jobLog)
at MCEBuddy.Engine.ConversionJob.Convert()
INFORMATION> 2019-08-23T20:07:09 MCEBuddy.Engine.ConversionJob →
También noté que tu perfil se llama *MKV Unprocessed*, no tengo idea por qué hay * en el nombre ni qué contiene realmente el perfil, pero parece que le falta la directiva order=.