Parece estar funcionando como se esperaba. Encontró 3 pistas de subtítulos y extrajo las 3, luego las agregó al archivo convertido final ya que la opción de agregar subtítulos estaba habilitada. Creo que estás confundiendo la selección de pista de audio con la selección de pista de subtítulos.
En cuanto a incrustarlos, sí es posible, usa la opción SubtitleBurn en el perfil. Consulta este tema para más detalles MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking