Puedo intentar ayudarte con algunas respuestas, aunque algunos elementos pueden variar según tu versión y el tipo de archivo que tengas y al que estés convirtiendo. Los distintos formatos admiten distintas opciones.
Para asegurarte puedes observar el archivo mientras se procesa con MCEBuddy: haz clic derecho sobre él en la ventana de estado y selecciona «Información de medios»; allí se mostrarán varios detalles, incluidos los idiomas de audio. Recomiendo encarecidamente el programa gratuito «MediaInfo», que te dará más detalles sobre el archivo, entre ellos los idiomas de subtítulos disponibles y su formato. También puedes usar algo como «VLC Media Player» para reproducir el archivo y ver las opciones de subtítulos disponibles.
En segundo lugar, sobre ese mismo punto, en mi experiencia el hecho de que un archivo tenga audio en otro idioma no significa necesariamente que también haya subtítulos en ese idioma. Tendrías que comprobarlo en el archivo.
En las opciones de configuración de tus tareas de conversión (la que uses para extraer subtítulos), selecciona esa tarea, pulsa CAMBIAR y luego la opción «Configuración avanzada» (pequeño icono con flechas arriba y abajo). En la parte inferior encontrarás las opciones de audio y subtítulos. Asegúrate de que la opción «Seleccionar la mejor pista de audio» esté DESMARCADA; de lo contrario, la conversión se limitaría a una sola pista de audio. Desmarcada, extraerá TODAS las pistas de audio. Comprueba que el formato al que conviertes admita varias pistas de audio (por ejemplo, MP4 o MKV).
Si deseas limitar la conversión a una sola pista de audio, marca «Seleccionar la mejor pista de audio» y, a continuación, elige el idioma que prefieras.
Más abajo verás la opción de subtítulos. Asegúrate de que esté marcada para extraer subtítulos. Mantén el ratón sobre la opción para ver exactamente qué formatos de archivo la admiten.
Aún más abajo encontrarás «Configuración experta». Si haces clic, puedes marcar «Añadir subtítulos» si quieres que los subtítulos se incrusten en el archivo (formatos MKV o MP4); de lo contrario, la opción anterior «Extraer subtítulos» añadirá un archivo SRT externo que contendrá los subtítulos y, si hay varios idiomas, añadirá el código de idioma al nombre del archivo.
Sí, elige la opción «Extraer subtítulos y subtítulos ocultos» para extraer TODOS los archivos de subtítulos. Solo te limitaría a uno si hubieras seleccionado «Seleccionar la mejor pista de audio» o si el archivo solo tuviera subtítulos en un idioma. Recuerda que las pistas de audio y las de subtítulos no son lo mismo. Muchas de mis grabaciones de televisión abierta en EE. UU. tienen audio en español como opción, pero no incluyen subtítulos en español.
Espero que esto te ayude.
