Podrías lograr los mismos resultados que @machyy1 sin quemar los subtítulos; solo establece PreConversionCommercialRemover=false en tu perfil.
Ahora cortará los comerciales después de convertir, lo que debería mantener tus subtítulos sincronizados.
(cortar comerciales antes de la conversión permite conversiones más rápidas, pero tiene el efecto secundario de que algunas grabaciones, dependiendo de los fotogramas I/límites GOP, podrían tener subtítulos desfasados)