Vanwege de manier waarop MCEBuddy bestanden verwerkt, moet je ze eerst extraheren en daarna terugplaatsen. Schakel daarom "Ondertitels en ondertiteling voor doven en slechthorenden extraheren" in onder ondertitels. Hiermee wordt een SRT-bestand gemaakt. Als je het zo laat, wordt het srt-bestand meegenomen naar de uiteindelijke conversielocatie en herkennen de meeste spelers dat er een srt-bestand aanwezig is, waardoor het afspelen met ondertitels mogelijk is. Maar als je de ondertitels opnieuw wilt inbedden, moet je naar Expert Settings gaan en "Ondertitels toevoegen" inschakelen onder de sectie Ondertitels en hoofdstukken.
Het is een beetje verwarrend, maar wanneer MCEBuddy een conversie start, maakt het een werkende kopie van het videobestand waarbij ondertitels en hoofdstukken worden verwijderd. Hierbij blijven alleen de video- en audiosporen over. Deze stap heet "Remux naar MPEGTS of kopiëren bronbestand naar temp" in het proces MCEBuddy - Overzicht conversieproces