Il semble fonctionner comme prévu. Il a trouvé 3 pistes de sous-titres, les a toutes extraites, puis les a ajoutées au fichier converti final puisque l’option d’ajout de sous-titres était activée. Je pense que vous confondez la sélection de piste audio avec la sélection de piste de sous-titres.
Pour les graver, oui c’est possible, utilisez l’option SubtitleBurn dans le profil. Voir ce sujet pour plus de détails MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking