Es scheint wie erwartet zu funktionieren. Es wurden 3 Untertitelspuren gefunden, alle 3 extrahiert und anschließend zur konvertierten Datei hinzugefügt, da die Option „Untertitel hinzufügen“ aktiviert war. Ich denke, Sie verwechseln die Auswahl der Audiospur mit der Auswahl der Untertitelspur.
Was das Einbrennen betrifft: Ja, das ist möglich; verwenden Sie dafür die Option SubtitleBurn im Profil. Details finden Sie in diesem Thema: MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking