Puedes solucionarlo ajustando/modificando tu archivo ini de comskip, afinándolo para que sea menos agresivo. Hay muchos consejos disponibles aquí para ajustar archivos ini.
Prueba jugando con la opción de extracción de subtítulos en la página de Configuración experta usando las opciones field y channel. Diferentes países/canales usan distintas opciones y no hay forma de saberlo excepto experimentando.
Si quieres, puedes subir el archivo WTV original a nuestros servidores y podemos intentar jugar con la extracción de subtítulos también para averiguar qué está pasando. Consulta el tema Léeme antes de publicar para obtener detalles sobre cómo subir el archivo