Verifica que la detección de anuncios NO esté configurada como none en tu tarea de conversión. Puedes buscar EDL en los registros para ver qué está pasando.
Ahhhh… hola oscuridad, mi vieja amiga.
INFORMATION> 2019-10-22T14:10:04 MCEBuddy.CommercialScan.Remover --> MP4Box: Cutting commercials from video - segment 0
2019-10-22T14:10:04 MCEBuddy.AppWrapper.MP4Box --> Launching process C:\Program Files\MCEBuddy2x\mp4Box\mp4box.exe
2019-10-22T14:10:04 MCEBuddy.AppWrapper.MP4Box --> Process arguments -keep-all -keep-sys -splitx 0:404.185 -out "C:\Program Files\MCEBuddy2x\working0\NFL Football - S2019E2111 - Minnesota Vikings at Detroit Lions_0_404.m4v" "C:\Program Files\MCEBuddy2x\working0\NFL Football - S2019E2111 - Minnesota Vikings at Detroit Lions.m4v"
2019-10-22T14:10:04 MCEBuddy.AppWrapper.MP4Box --> UI Session Admin Process : False
2019-10-22T14:10:04 MCEBuddy.AppWrapper.MP4Box --> Setting process priority to Normal
--> Process exited with code -1073741515
Parece que voy a tener que enfrentarme de nuevo a mi viejo némesis -1073741515 por mi cuenta. Actualizaré según corresponda si logro vencer a esta bestia.
Gracias de nuevo por tu útil orientación. 
Parece que necesitaba instalar algunas dependencias faltantes.
Está este cachorro aquí: https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=14632
Y luego este de la versión de GPAC de MP4Box:
¿Hay alguna razón por la que estas dependencias no se instalan por defecto con MCEBuddy? Para que conste, desinstalé mi versión anterior de MCEBuddy y actualicé a la última versión (19 de octubre) y aún así no pudo ejecutar MP4Box hasta que instalé lo anterior.
Gracias por cualquier consideración.
Lo revisaré.
¡Excelente! Muchas gracias. Por si sirve de algo, finalmente logré que SkipRemux=True funcionara. Aunque el -converted.mp4 en la carpeta temporal working0 sí tenía subtítulos, el .m4v final resultante no los tenía. 
Sin embargo, ahora que MP4Box funciona como se espera en mi máquina, puedo usar el .srt como corresponde, sin necesidad del parámetro --srt-file (aunque sigue siendo útil saber que existe por si acaso).
Así que, problema resuelto. Finalmente. 
Por si sirve de algo, por fin me puse con ello:
https://twitter.com/MikeTripleE/status/1189159997835485192
Como aspirante a desarrollador de apps/servicios, respeto mucho el trabajo que le habéis metido a esto. Incluso te envidio. 
Esto se ha solucionado en la compilación de hoy; instalará la dependencia de VC 2015 durante la configuración.