Gracias a @robtheone por este script para añadir un código de idioma a archivos MP4 para Plex:
CustomCommandPath=mp4box\\mp4box.exe
CustomCommandParameters="%convertedfile%" -lang 1=eng -lang 2=eng
CustomCommandHangPeriod=100
CustomCommandCritical=true
CustomCommandUISession=false
CustomCommandShowWindow=false