MCEBuddy sí soporta WebVTT y otros formatos de subtítulos. Se añadió recientemente y también puede sincronizar los subtítulos para que coincidan con los cortes comerciales.
Necesitaré ver tus archivos de registro para ver qué está pasando, o mejor aún, si puedes subir el video original junto con los subtítulos y también tu archivo de registro, podemos replicarlo para ver qué está pasando.