Gracias al usuario Trayal:
Para cualquiera que esté interesado, pude hacer que esto funcionara a través de comandos personalizados directamente agregando lo siguiente a mi perfil en profiles.conf.
CustomCommandPath="ccextractor\ccextractorwinfull.exe"
CustomCommandParameters= -wtvmpeg2 "%sourcefile%" -o "%destinationpath%\%showname%_S%season%##E%episode%##.srt"
CustomCommandHangPeriod=0
CustomCommandCritical=true
CustomCommandUISession=False
CustomCommandShowWindow=False
Deberá personalizar los parámetros para que coincidan con su esquema de nomenclatura, según sea necesario.
ACTUALIZACIÓN: Esto debería ser redundante ahora ya que MCEBuddy lo hará automáticamente cuando detecte un archivo WTV