Necesitarás crear un perfil personalizado para hacer esto. MCEBuddy puede diferenciar entre flujos de entrada AC3 y no AC3. Consulta este tema para más detalles:
Básicamente, dependiendo de si estás usando Handbrake o FFMPEG, necesitarías algo como esto: esto mantiene el flujo de audio no AC3 tal cual y convierte el audio AC3 en AAC
handbrake-audioac3=-E faac -R auto -B 384 -a 1,2,3,4,5
handbrake-audio=-E copy -a 1,2,3,4,5