Solo un consejo: algunos están intentando convertir una sola pista de audio en varias pistas de audio. Aquí hay un método usado por Wilky13, transcribiendo:
Resumen: quiero un archivo mp4 con flujo 1: vídeo H.264, flujo 2: audio AAC de 2 canales, flujo 3: audio AC3 de 6 canales. Estoy modificando el perfil predeterminado MP4 Alta Calidad.
Tengo funcionando HandBrake con:
handbrake-audio=-E faac,ffac3 -R auto -B 384
handbrake-audioac3=-E faac,copy:ac3
handbrake-AudioOptimized=true
Tengo funcionando ffmpeg con:
ffmpeg-audio=-map 0:1 -map 0:1 -c:a:0 aac -ab 192k -ac 2 -c:a:1 ac3 -ab 192k
ffmpeg-audioac3=-map 0:1 -map 0:1 -c:a:0 aac -ab 384k -ac 2 -c:a:1 copy
ffmpeg-AudioOptimized=true
Esta es la estructura básica; puedes modificarla según sea necesario. Consulta la documentación de Comandos Avanzados y la documentación de Conceptos Básicos de Perfiles para entender las diferencias entre audio y audioac3.