Eliminar carpetas vacías al mover el archivo de archivo original

MCEBuddy no puede (y no debe) eliminar archivos externos por sí mismo. Sin embargo, siempre puedes agregar un PostCustomCommand en tu perfil que elimine cualquier archivo auxiliar y, si la carpeta queda vacía, MCEBuddy la eliminará. MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking

Aquí tienes un ejemplo: