Parece que tienes bastante claro cómo configurar tareas de conversión y monitorear ubicaciones.
Puedes crear una segunda ubicación de monitoreo para vigilar la carpeta mce-converted. En la configuración experta, asegúrate de seleccionar la opción Remonitor Converted Files; por defecto, MCEBuddy no monitorea los archivos convertidos para evitar un bucle infinito de monitoreo/conversión, por lo que esta opción se proporcionó para usuarios que desean encadenar las conversiones (salida de una como entrada de la siguiente).
Una vez hecho eso, crea una nueva tarea de conversión y, en la configuración experta, selecciona tu ubicación de monitoreo y selecciona la segunda ubicación de monitoreo que acabas de crear. Esto permite una asignación uno a uno. Asegúrate de hacer lo mismo para la primera tarea de conversión (asignarla a la primera tarea de monitoreo).
Aquí tienes un ejemplo paso a paso de encadenamiento con un retraso incluido:
Una vez que hayas hecho eso, puedes consultar este post para obtener detalles sobre cómo ajustar Comskip.