Ik heb nogmaals naar je logs gekeken; in het eerste geval zaten de ondertitels in de TS-stream opgeslagen als closed captions. Je gebruikte een aangepast profiel dat Handbrake opdroeg deze ingebouwde closed captions te gebruiken en te behouden, daarom werkte het:
2019-09-27T08:19:21 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → + subtitle tracks:
2019-09-27T08:19:21 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → + 1, español, Closed Caption [CC608]
Een ding dat je kunt proberen is de optie Skip remuxing in de expertinstellingen inschakelen; daarmee laat je Handbrake rechtstreeks op het originele M4V-bestand werken in plaats van op het geremuxte TS-bestand in het tweede geval. Mogelijk detecteert het dan de ingebouwde ondertitels en werkt het ermee.