Met dank aan gebruiker Trayal:
Voor iedereen die geïnteresseerd is, ik heb dit werkend gekregen via aangepaste opdrachten rechtstreeks door het volgende toe te voegen aan mijn profiel in profiles.conf.
CustomCommandPath="ccextractor\ccextractorwinfull.exe"
CustomCommandParameters= -wtvmpeg2 "%sourcefile%" -o "%destinationpath%\%showname%_S%season%##E%episode%##.srt"
CustomCommandHangPeriod=0
CustomCommandCritical=true
CustomCommandUISession=False
CustomCommandShowWindow=False
U zult de parameters moeten aanpassen aan uw naamgevingsschema, indien nodig.
UPDATE: Dit zou nu overbodig moeten zijn aangezien MCEBuddy dit automatisch zal doen wanneer het een WTV-bestand detecteert.