Haciendo referencia a MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking
Los diferentes tipos de archivos (MP4, TS, MKV, etc.) tienen métodos/herramientas específicas para cortar los comerciales. El Universal Commercial Remover es una herramienta genérica (normalmente una alternativa de respaldo) que puede cortar casi cualquier tipo de contenedor de video. Puedes forzar tu perfil para que la use si encuentras problemas con el proceso de corte.