¿Dividir archivo en dos?

Así que estoy tratando de averiguar si es posible con MCEBuddy, pero me gustaría procesar un archivo y eliminar los anuncios mediante comskip (funcionando actualmente).

Luego me gustaría volver a procesar el archivo para dividirlo en dos.

He buscado otras alternativas y realmente no encuentro nada. Codifico en h256 y tengo archivos que contienen 2 episodios que necesito separar.

Podrías usar la aplicación Custom Cuts que viene con MCEBuddy para cortar la segunda mitad, procesarla y luego usar Custom Cuts nuevamente en el mismo archivo de origen para cortar la primera mitad. Esta aplicación crea un EDL para usar durante el procesamiento.