Bienvenido a la comunidad. Vas por buen camino. También échale un vistazo a este tema y a la sección de Plex para más consejos: Plex - MCEBuddy
Para responder a tu pregunta sobre cómo probarlo, simplemente redirige el directorio de salida en la configuración de la Tarea de Conversión a una carpeta diferente y observa cómo funciona. Si estás satisfecho, vuelve a la configuración original que tenías.