Puedes usar el cambio de nombre personalizado para crear cualquier patrón de renombrado que desees, pero no reemplazará caracteres en los campos de metadatos (por ejemplo, título o nombre del episodio). Si quieres hacer eso, intenta añadir un PostCustomCommand al perfil como se explica aquí y ejecuta un script por lotes que renombre el archivo convertido. MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking
Aquí tienes un ejemplo de cómo ejecutar un script por lotes mediante un CustomCommand (ten en cuenta que necesitas PostCustomCommand):
Aquí tienes un ejemplo de cómo crear un script por lotes para reemplazar caracteres: