Necesitarás ajustar tu comskip, intenta usar configuraciones más “agresivas”. Hay una interfaz gráfica incluida para ayudarte a afinar tu ini de comskip, puedes encontrar más detalles aquí: Tuning Comskip and Custom Comskip INI's (Country / Channel specific)
De manera similar, puedes ajustar ShowAnalyzer usando la herramienta GUI incluida (que se puede encontrar desde el menú de inicio de Windows)