Si entiendo correctamente lo que estás solicitando, te gustaría una interfaz gráfica que te permita editar/crear perfiles personalizados basándote en los valores disponibles detallados en MCEBuddy - Understanding Profiles Basics y MCEBuddy - Advanced Settings, Commands and Tweaking.
Esto sería bastante interesante y probablemente muy difícil de mantener debido a todas las combinaciones posibles de parámetros que ofrecen ffmpeg y handbrake. Pero si excluyes esa capacidad, el marco de lo que hay dentro de una entrada de perfil está establecido por MCEBuddy, por lo que los aspectos básicos podrían estar disponibles para manipular mediante una interfaz de usuario.