以下是已知問題清單，這些問題是作業系統或底層元件（如 Comskip、FFMPEG、Handbrake 或 MEncoder 等）的限制：
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預設的 comskip.ini 檔案並非完美適用於所有國家的廣告剪輯。需要針對您所在的國家／頻道進行微調。請參閱 MCEBuddy 進階指令 了解如何微調 comskip.ini 以更準確地偵測廣告，也可參考 Comskip 自訂 INI 取得不同國家與頻道的自訂 Comskip.ini 檔案（由使用者提供）。
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在啟用廣告剪輯功能時提取字幕（SRT 檔案），有時 SRT 檔案會與影片逐漸失去同步。這是因為底層編碼器會將剪輯後的影片片段對齊到下一個 GOP 畫面，而該畫面可能在剪輯片段開始後的數秒處，因此相對於字幕會產生數秒的「延遲」。這會導致 SRT 檔案在每次剪輯廣告後與轉換後的影片失去同步。MCEBuddy.conf 中有一個名為 SubtitleSegmentOffset 的參數可用來修正每次剪輯廣告所帶來的累積延遲。詳情請參閱 MCEBuddy 進階指令。在 GUI 中，可於「專家設定」→「字幕廣告同步」中進行設定。
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影片詮釋資料查詢（TVDB、MovieDB）與時區。TVDB 與 MovieDB 使用網路時區作為節目資訊。若影片在同一台機器上錄製與轉換，則網路時區＝本地時區。若機器時區變更（或影片被移至不同時區的機器），查詢可能無法運作，因為網路時區未知，MCEBuddy 會假設本地時區即為網路時區。
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若同一天首播多個節目，MCEBuddy 在透過原始播出日期查詢網路詮釋資料（TVDB、IMDB 等）時，將會選取第一個節目（若字幕／節目名稱不符）。
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某些電視調諧卡（如 Ceton）以網路驅動程式安裝時，可能無法與 UPnP 搭配運作。這是因為有問題的電視調諧器網路驅動程式無法處理廣播探索封包，啟用 MCEBuddy 中的 UPnP 會導致卡片停止運作。有三種解決方案：
- 升級至 MCEBuddy 2.4.9 或更新版本
- 將驅動程式更新至最新版本（Ceton BETA 驅動程式似乎可解決此問題）
- 在設定頁面取消勾選 UPnP，點擊確定後重新啟動電腦
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某些電視（包括部分 Samsung 電視）在播放 MP4 與 MKV 檔案時，音訊會隨時間緩慢失去同步。然而，相同檔案在電腦上（如 WMP、VLC 或 KMPlayer）播放正常。這是這些電視處理 FFMPEG 產生檔案的問題。解決方法很簡單，開啟 profiles.conf，在您使用的設定檔中，將 order=ffmpeg 替換為 order=handbrake（即使用基於 handbrake 的設定檔）。不知何故，這些電視無法正確同步 ffmpeg 產生檔案的音訊，但能正確播放 handbrake 設定檔產生的檔案。
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雖然 MCEBuddy 支援轉換純音訊檔案（例如 MP3 或不含影片的 WTV），注意：您必須使用基於 FFMPEG 的設定檔來轉換純音訊檔案（即不含影片的檔案）。Handbrake 與 Mencoder 不支援轉換不含任何影片串流的檔案。
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使用「快速傳輸」下載的 TiVO 檔案，需要在執行 MCEBuddy 引擎作為命令列服務 的機器上安裝 TiVO Desktop（TiVO Desktop 是 32 位元程式，無法透過 Windows 服務存取）。否則，請使用 kmttg 或 TiVo Desktop 以 PS 格式下載 TiVO 檔案。
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目前僅 handbrake 設定檔（透過 QuickSync）與 ffmpeg 設定檔（透過 NvEnc）支援硬體編碼
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硬體編碼與媒體庫管理（iTunes 與 WMP）需要至少 1 位使用者在本機或遠端登入
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某些媒體延伸器（如 XBox、Ceton Echo 與 Linksys DMA2100）不支援 WTV 中的 H.264，僅支援 MPEG2。因此，若原始影片可在延伸器上播放，請使用 WTV Unprocessed 設定檔，或使用 WTV Legacy 設定檔
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部分 Samsung 電視在播放使用 MKV Unprocessed 設定檔建立的影片時會發生問題，詳情請參閱此貼文