No necesitas usar comandos personalizados para este caso.
Puedes modificar el perfil para cambiar la extensión a tu elección. Te recomendaría crear un nuevo perfil con un nombre distinto; puedes copiar todos los ajustes de MP4 Alta Calidad y luego simplemente añadir esta línea:
RenameExt=.mpg
Ten en cuenta que esto no conserva el contenedor original, solo el nombre del archivo. El contenedor lo define tu perfil; en este caso es un MP4. Solo se está cambiando la extensión del archivo; la mayoría de los reproductores son lo suficientemente inteligentes como para ignorar la extensión y examinar el contenido real para determinar el contenedor y los códecs dentro de él.