Er is geen verband tussen de gebruiker en het draaien van MCEbuddy. MCEbuddy draait standaard als een systeemservice (tenzij iemand dit handmatig wijzigt).
Als systeemservice heeft het geen toegang tot door de gebruiker gekoppelde schijven, zoals uitgelegd op deze pagina, tweede bericht: MCEBuddy FAQ - Common Issues and Errors
Je kunt MCEbuddy echter ook als opdrachtregel-engine starten vanuit de gebruikerslogin via het startmenu, waardoor MCEbuddy toegang krijgt tot gekoppelde schijven, maar dan draait het niet meer op de achtergrond en alleen zolang de gebruiker is ingelogd.