La respuesta correcta aquí (modificando mi publicación original) sería:
Para HDHR deberías usar el perfil HDHomeRun H.264 o HDHomeRun Unprocessed y funcionará correctamente. HDHR solo admite archivos mpg para los metadatos.
Asegúrate de haber activado la casilla Agregar información en la página de configuración avanzada de la tarea de conversión para añadir los metadatos de vuelta al archivo después del procesamiento.
@techpro2004, ¿me confirmas esto? 