Desde tus registros, si miras un poco arriba de la consulta de hardware NVidia, parece que busca Intel QuickSync:
INFORMATION> 2019-01-01T12:31:44 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → QuickSync encoding support available → True
INFORMATION> 2019-01-01T12:31:44 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → H.264 encoding support available → True
INFORMATION> 2019-01-01T12:31:44 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → H.265 encoding support available → True
Encuentra que tu controlador gráfico está reportando que soporta aceleración por hardware Intel QuickSync.
También encuentra que tu controlador gráfico está reportando que soporta NVidia CUDA:
2019-01-01T12:31:45 MCEBuddy.AppWrapper.NVidiaQuery → Result = PASS
→ Process exited with code 0
→ NVidia H.264 Hardware Encoder Detected : True
→ NVidia H.265 Hardware Encoder Detected : False
Tienes una configuración que soporta tanto QuickSync como CUDA, por lo tanto MCEBuddy no cambia el orden del codificador y usa los codificadores tal como están definidos en el perfil (preserva el orden del codificador).
→ New encoder tool order → handbrake,ffmpeg,mencoder
Por eso está usando handbrake para convertir tu video; y handbrake está usando tu codificador de hardware Intel y logrando una velocidad de 145fps
2019-01-01T12:31:55 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → [12:31:55] qsv_enc_init: using ‘hardware (1)’ implementation, API: 1.19
2019-01-01T12:31:55 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → [12:31:55] compute_init_delay: 6006 (2 frames)
2019-01-01T12:31:58 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → Encoding: task 1 of 2, 0.56 %
2019-01-01T12:32:00 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → Encoding: task 1 of 2, 1.24 %
2019-01-01T12:32:02 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → Encoding: task 1 of 2, 1.89 % (148.02 fps, avg 143.78 fps, ETA 00h05m04s)
Así que técnicamente está usando codificación por hardware, solo que no el codificador que tú quieres.
Si quieres que use NVIDIA en lugar de QuickSync, cambia el orden del codificador en el perfil:
de:
order=handbrake,ffmpeg,mencoder
a
order=ffmpeg,handbrake,mencoder