Si se quedó sin espacio, es posible que los archivos de configuración se hayan dañado o quedado incompletos al escribirlos de nuevo en el disco. No hay forma de recuperarlos. Aunque existe una opción de anulación en MCEBuddy para ignorar el espacio libre en disco, esta es una de las razones por las que es peligroso habilitarla.
Si habías instalado MCEBuddy previamente, puedes revisar las carpetas de copia de seguridad para ver si hay una copia antigua del archivo de configuración.