Vi el área siguiente en los foros, pero no estoy seguro de dónde aplicar los cambios. ¿Está esto en la interfaz gráfica en alguna parte?
Si estás usando un perfil de FFMPEG, intenta establecer el parámetro -ss en -ss 30 para ver si eso resuelve el problema.
Intenta configurar <encoder>-audiodelay=skip para el perfil que estás usando.
Si el punto 2 no funciona, puedes usar el mismo parámetro y reemplazar skip con un número positivo o negativo. Esto adelantará o retrasará el audio esa cantidad de segundos. Esto puede ayudar a sincronizar el audio con el video mediante prueba y error. Asegúrate de reemplazar <encoder> con el codificador del perfil que estás usando. Por ejemplo, ffmpeg-audiodelay=1.25
Si estás usando MEncoder en tu perfil y tu audio se desincroniza SOLO cuando la eliminación de comerciales está habilitada, intenta usar la opción mencoderedlskip=true para usar el método alternativo de MP4Box para eliminar comerciales. (esto solo ayudará si la eliminación de comerciales está causando la desincronización del audio mientras usas MEncoder).
Si estás usando FFMPEG o Handbrake y salidas .mp4 o .m4v, intenta usar CutMP4Alternative=true
Intenta configurar UniversalCommercialRemover=true si lo anterior no funciona.