Necesitas ajustar tu INI de Comskip. Creo que hay una configuración para mantener los últimos X minutos del programa. Hay un editor de INI de Comskip basado en GUI que puedes usar.
Puedes ajustar comskip.ini usando el programa fácil de usar ComskipINIEditor.exe incluido y configurarlo para mantener los segundos finales cambiando el tamaño mínimo de comercial:
Consulta este tema para comenzar.