Parece que, como dijo @mike808, se debe a los fotogramas clave en los puntos de corte (o la falta de ellos) lo que está causando el desgarro. Este es un artefacto de la grabación original donde puede no tener suficientes fotogramas clave.
Hay una forma de intentar solucionarlo: usar el fotograma clave más cercano, lo cual funciona en algunos casos (dependiendo de qué tan lejos esté). Intenta agregar esto a tu perfil:
CommercialMergeTool=avidemux
Puedes encontrar más detalles sobre esta opción aquí: