Parece que estás usando la versión de prueba.
No veo errores obvios en los registros. Podría ser una peculiaridad en la información de sincronización del flujo de video (lo que explica la diferencia entre Comskip y ShowAnalyzer, ya que elegirán puntos distintos para cortar los comerciales) que hace que ffmpeg se bloquee. Si puedes subir el video original a nuestro servidor de carga puedo echarle un vistazo para ver qué está pasando.