Hmm, no puedo replicar el problema con los pasos que mencionaste. ¿Para aclarar, haces clic en los ... para seleccionar el ini personalizado de comskip y luego haces clic en “Cancelar” en lugar de “Abrir”?
¿Podrías grabar un video de los pasos para replicarlo? Sospecho que podría haber alguna otra configuración que esté causando el problema.
EDIT: Si puedes, adjunta también tu archivo mcebuddy.conf para poder replicar la configuración exacta.