我查看了你的日志，似乎是原始视频本身的问题：
2019-09-05T18:35:09 MCEBuddy.AppWrapper.FFmpeg → [mpeg2video @ 0000000002a72940] Invalid frame dimensions 0x0.
2019-09-05T18:35:09 MCEBuddy.AppWrapper.FFmpeg → Last message repeated 4 times
2019-09-05T18:35:09 MCEBuddy.AppWrapper.FFmpeg → [mpegts @ 0000000002a71000] PES packet size mismatch
2019-09-05T18:35:09 MCEBuddy.AppWrapper.FFmpeg → Last message repeated 4 times
我无法判断这是小问题还是大问题。comskip 和 showanalyzer 的唯一区别在于它们使用不同的检测算法，因此广告标记点会有所不同。可能是 Comskip 选定的标记点在原始视频中恰好存在数据损坏，从而引发了问题。你有没有试过用 VLC 播放转换后的文件？有时问题出在播放器的解码器上。
唯一确定的方法是查看原始视频和转换后的视频。如果你把它们上传到 MCEBuddy 服务器，我可以帮你检查。