No veo errores como tales en tu conversión; estás topando con el problema de encuadre del GOP.
También, por favor actualiza a la versión BETA más reciente, ya que incluye algunas actualizaciones que podrían ayudarte.
Hay algunas cosas que podemos intentar para sortear los problemas del GOP, así que empecemos por la primera:
Veo que tu perfil no tiene:
PreConversionCommercialRemover=true
La opción CommercialMergeTool=avidemux solo funciona si la opción anterior está habilitada para perfiles que no sean TS.
Intenta añadir las opciones anteriores y luego vuelve a ejecutar tu conversión; si sigues teniendo problemas, publica aquí tu registro de conversión.