Puedes intentar agregar esto a tu perfil
CommercialMergeTool=avidemux
El valor predeterminado es ffmpeg, que funciona muy bien para la mayoría de los archivos de video, pero para archivos con intervalos GOP grandes puede causar el tipo de problemas que estás viendo, donde los comerciales se cortan a mitad del GOP. La diferencia es que, aunque puede solucionar el tartamudeo, la ubicación del corte no estará exactamente en el punto que marcaste. Esto se debe a que esperará al siguiente fotograma GOP para obtener una imagen completa, lo cual puede ser unos segundos después del punto de corte identificado, dependiendo de cuán separados estén los fotogramas GOP en tu grabación.