Du kannst den Konvertierungsprozess hier nachlesen:
Füge deine mcebuddy.log-Datei an und ich kann dir sagen, was du konfiguriert hast. Grundsätzlich wird MCEBuddy überwachen, was du es überwachen lässt, und es dann in das konvertieren, was du konvertieren lassen willst. Wenn du als Ausgabe MP4 angegeben hast, wird es MP4 und keine MKVs erzeugen. Es wird nichts erzeugen, was du nicht angefordert hast.
Wenn es beim Scannen die MKVs auflistet, dann hast du wahrscheinlich genau das zur Überwachung angegeben.