Honestamente, esta es una configuración bastante inusual: tienes dos dispositivos de grabación y estás tratando de averiguar si ambos han grabado el mismo programa; no quieres que MCEBuddy lo convierta de nuevo.
No se me ocurre ningún método directo más allá de mantener tu salida en .mpg o .mp4 o en un formato común para que la opción de omitir reprocesado lo detecte.
La otra forma es así: puedes escribir un script PreCustomCommand que compruebe el archivo de destino y busque una “coincidencia” en la carpeta de destino de las otras tareas (sin tener en cuenta la extensión). Si encuentra el archivo, devuelve el código -1 y haz que el PreCustomCommand cancele la conversión antes de que empiece. No olvides establecer PreCustomCommandExitCodeCheck=true.