La salida del archivo de video se congela constantemente por unos segundos

Parece que el comienzo de tu vista le faltan algunos fotogramas clave, por lo que Handbrake no puede procesarlo bien:

2020-04-01T12:57:15 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → [12:57:15] thread c started (“Muxer”)
2020-04-01T12:57:15 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → [12:57:15] sync: first pts audio 0x100 is 0
2020-04-01T12:57:15 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → [12:57:15] sync: first pts video is 9867
2020-04-01T12:57:16 MCEBuddy.AppWrapper.Handbrake → Encoding: task 1 of 1, 0.04 %

Puedes probar lo siguiente:

  1. Elimina completamente el -ss 0 de tus archivos de perfil y mcebuddy.conf
  2. Configura mcebuddy para cortar el primer segundo de tu archivo (establece -ss 1 o configura el Cut start en la página de configuración avanzada de la tarea de conversión a 1 segundo), esto hará que mcebuddy omita los fotogramas iniciales hasta encontrar un fotograma clave.
  3. Intenta usar ffmpeg en lugar de handbrake en tu order de perfil como el primer codificador, ffmpeg tiende a manejar mejor algunas secuencias mal formadas.

Si subes el video original a nuestro servidor podemos analizarlo y responderte