También recomendaría usar la versión BETA 2.4.10 de hoy. Tenemos una nueva versión de ffmpeg. Posiblemente se hayan solucionado tus problemas con el perfil de ffmpeg y también algunas correcciones relacionadas con la coincidencia de metadatos.
Si aún tienes problemas, adjunta tu registro de conversión con la ejecución de la BETA 2.4.10 para que pueda ver qué está pasando. Además, si puedes subir el archivo original al servidor de MCEBuddy que tiene un problema con el perfil MKV sin procesar a nuestro servidor, entonces puedo replicar el problema y analizarlo en profundidad; de lo contrario, será más difícil determinar qué está ocurriendo.