Sí, ese es el problema: primero coincide por nombre de episodio, ya que es la forma más común de emparejar programas. Este tema describe el orden de coincidencia que utiliza MCEBuddy: Metadata matching, extraction, renaming from files and downloading from the Internet
Una opción que puedes probar es cambiar el orden de coincidencia de Nombre a FechaEmisión en la página de correcciones de Metadatos, desde la tarea de Conversión → página de configuración Experto, aunque creo que tampoco resolverá tu problema, dado que tampoco dispones de fecha/hora de emisión original.
Quizá se necesite una nueva función que permita a los usuarios seleccionar número de episodio/temporada como prioridad de coincidencia, en lugar de solo nombre o fecha.