Acabo de comprobarlo y pude instalar en cualquier carpeta que eligiera. Usé C:\Program Files\MCEBuddy 2.6.1 y funcionó bien; también transfirió mi configuración anterior desde la instalación previa.
Creo que puede haber tenido una instalación corrupta (algo conocido con el instalador de Windows) que dejó el servicio sin inicializar o dañado. Si está corrompido, consulta este tema: MCEBuddy FAQ - Install, Uninstall and Start Up Issues
Para referencia, si quieres que el motor se ejecute como un servicio de Windows en segundo plano (modo predeterminado), siempre puedes iniciar el servicio MCEBuddy2x desde Administrador de tareas → Servicios → MCEBuddy2x → Clic derecho y seleccionar Iniciar, Detener o Reiniciar.
Si prefieres ejecutar el motor manualmente (como una aplicación), puedes seleccionar MCEBuddy 2.x CommandLine Service desde el Menú Inicio de Windows.
El motor se ejecutará mientras la ventana de consola esté abierta:
Una vez que cierres la ventana de consola, se reiniciará automáticamente el servicio de Windows MCEBuddy2x.