¿Quieres que los archivos regresen a sus carpetas originales (deja la carpeta de destino en blanco) o si deseas replicar la estructura de carpetas original puedes usar la opción de renombrado personalizado (%originalfilename%)(consulta el Tema sobre Comandos Avanzados) para recrearla.
También prueba la opción de renombrado Organizar programas por temporadas si te funciona o los otros patrones de renombrado predeterminados.