Ejecuté el archivo de video que subiste junto con el archivo de cortes EDL a través de MCEBuddy 2.6.5 beta usando el perfil MP4 Unprocessed. Cortó exactamente según el archivo EDL que coincide con el archivo original. No noté ninguna diferencia en los puntos de corte (no más de aproximadamente 1 segundo de sincronización que ocurre porque los cortes siempre están en los límites de GOP, de lo contrario verás desgarro de video).
¿Qué perfil estás usando?