No creo que los marcadores de capítulo se ajusten para los cortes manuales (se ajustan para los cortes comerciales), probablemente deberían hacerlo. Digno de un ticket de mejora.
EDIT: Incluso los EDL guardados no se ajustan para el recorte manual (solo los subtítulos se ajustan para el recorte), así que tanto los capítulos como los EDL guardados probablemente deberían ajustarse para el recorte manual.