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您可能需要尝试调整 comskip，为您的转换任务创建一个自定义 ini 文件。上面的链接会告诉您如何为 comskip 创建自定义 ini。
具体使用 comskip ini 编辑器，在 Global removes → aways_keep_first_seconds 下就是您要调整的参数。这将告诉 comskip 跳过节目前 X 秒，避免遇到此问题。
您可以在这里找到它。
关于重启/重新启动的问题，听起来像是 Windows 服务的问题。我建议另开一个新主题单独讨论。