Ik zie het nu inderdaad, je gebruikt Custom Cuts, waarbij een EDL-bestand wordt gegenereerd dat door MCEBuddy wordt verwerkt.
Mogelijk heeft ffmpeg problemen met de tijdstempels. Probeer dit aan je profiel toe te voegen
CommercialMergeTool=avidemux
Dit laat MCEBuddy avidemux gebruiken in plaats van ffmpeg om segmenten te knippen, wat stabieler is voor sommige video’s met timingproblemen.