Cierto, ahora lo veo: estás usando Custom Cuts, que genera un archivo EDL procesado por MCEBuddy.
Posiblemente ffmpeg esté teniendo problemas con las marcas de tiempo. Prueba a añadir esto a tu perfil
CommercialMergeTool=avidemux
Esto hace que MCEBuddy use avidemux en lugar de ffmpeg para cortar segmentos y es más estable con vídeos que presentan problemas de sincronización.